Ubicado en el centro de la ciudad de San Pedro Cholula, Puebla, fue fundado antes de 1528 sobre el terreno en que estuvo ubicado un templo dedicado al culto de Quetzalcóatl. Sin embargo, debido a la falta de frailes, la primera piedra fue colocada recién el 7 de febrero de 1549 por el tercer obispo de Puebla, Sebastián Martín de Hojacastro. Su edificación, efectuada en su totalidad por mano indígena y bajo la dirección de fray Toribio de Alcatraz, se terminó en 1552 y fue dedicada el 30 de abril de ese año por el mismo obispo Martín de Hojacastro.